Zbiory Muzeum Azji i Pacyfiku prezentujemy on-line w układzie, który w większości pokrywa się z ogólnie przyjętym podziałem na regiony geograficzne. Są to więc: Azja Wschodnia, Azja Południowa, Azja Południowo-Wschodnia, Azja Południowo-Zachodnia i Oceania. Pewne odstępstwa od tej klasyfikacji wynikają ze specyfiki muzealnych zbiorów. Z Azji Południowo-Wschodniej została
wyodrębniona Indonezja – kraj pochodzenia kolekcji założycielskiej, która dała początek Muzeum.
Natomiast kolekcja z Azji Centralnej obejmuje też Afganistan, geograficznie zaliczany do Azji Południowej. Jego kultura, religia, sztuka i rzemiosło wykazują jednak duże podobieństwa z pozostałymi krajami Azji Centralnej, a obszar zamieszkują te same grupy etniczne – co znajduje też wyraźne odbicie w zbiorach.
Kolekcję z Mongolii i Tybetu wydzielono jako Azję Środkowo-Wschodnią, region niemal nie pojawiający się w oficjalnych podziałach geograficznych. Jednak jest to obszar, który wyróżnia się spójnością religijną i kulturową, z dominującą rolą buddyzmu.
Osobny dział tworzą prace artystów polskich inspirowane sztuką, kulturą i przyrodą azjatycką, stanowiące jedyną w Polsce muzealną kolekcję o takim profilu. Natomiast archiwum fotograficzne zawiera zdjęcia, w większości pochodzące z 2. poł. XX wieku, wykonane w różnych regionach Azji przez polskich badaczy, dziennikarzy, reporterów i podróżników. Odrębnym działem są też rękopisy i księgi drukowane, udostępnione w dużej rozdzielczości. Daje to możliwość wykorzystania zasobu przez badaczy z całego świata.