Kolekcja Azji Południowo-Wschodniej w zbiorach MAiP obejmuje obecnie ponad 3000 obiektów z Mjanmy, Wietnamu, Laosu, Tajlandii, Malezji, Singapuru, Filipin i Timoru Wschodniego. Jej początki sięgają 1976 roku, gdy Muzeum Archipelagu Nusantary rozszerzyło swój profil na obszar Azji i Pacyfiku. Wówczas jednym z pierwszych nabytków spoza Indonezji były przedmioty z Laosu, podarowane przez
ówczesnego premiera tego kraju, księcia Souvanna Phouma. Kolekcja zaczęła się powiększać dzięki zakupom nowych obiektów w latach 70. i 80. XX wieku, a także darom od prywatnych kolekcjonerów.
Kolekcje wietnamska i mjanmarska są tu najbogatsze i najciekawsze. Starsza, wietnamska, to przede wszystkim zakupy z lat 70. i 80. XX wieku będące efektem ówczesnej współpracy kulturalnej pomiędzy Polską a Wietnamem. W ostatnich latach wzbogacił ją cenny zespół historycznej ceramiki ze zbiorów Tadeusza i Krzysztofa Findzińskich. Natomiast kolekcja sztuki Mjanmy praktycznie w całości zgromadzona została przez dyrektora Andrzeja Wawrzyniaka w latach 2007-2008. Są to w większości rzeźby, elementy architektury i inne przedmioty związane z kultem buddyjskim i religiami lokalnymi. Pozostałe kraje Azji Południowo-Wschodniej reprezentowane są znacznie skromniej w zbiorach Muzeum. Przedmioty te jednak, choć nieliczne, ukazują bogactwo kulturowe regionu.