Kolekcja indonezyjska, choć należąca geograficznie do Azji Południowo-Wschodniej, została wyodrębniona z dwóch powodów. Pierwszym jest jej znaczenie dla powstania Muzeum Azji i Pacyfiku, poświęconego początkowo wyłącznie kulturom Indonezji i noszącego nazwę Muzeum Archipelagu Nusantary. Drugim jest jej rozmiar – liczy obecnie prawie 5500 obiektów, co stanowi niemal ¼ całej
kolekcji MAiP.
W omawianej kolekcji szczególnie duże grupy stanowią: broń biała, tkaniny, lalki teatralne i maski. Ponadto znajdują się w niej także instrumenty muzyczne, manuskrypty, meble, przedmioty ceremonialne i codziennego użytku. Współczesne malarstwo i rysunek (łącznie ponad 500 dzieł) reprezentują prace wybitnych artystów XX wieku, takich jak Hendra Gunawan, Batara Lubis, czy Nyoman Gunarsa.
Znaczną część zbiorów indonezyjskich zgromadził Andrzej Wawrzyniak, założyciel i wieloletni dyrektor MAiP. Wiele obiektów jest darami polskich artystów, podróżników, dyplomatów, misjonarzy, naukowców, specjalistów zatrudnionych w Indonezji (Włodzimierz Brzosko, Maria Giedwidź, Waldemar Klimont, Jerzy Markiewicz, Edward Słuczański, Bogdan Staeven) a także artystów indonezyjskich (Abdul Azis, Nyoman Gunarsa i inni).