Zbiory pochodzące z Indii, Nepalu, Bangladeszu, Pakistanu, Sri Lanki i Malediwów obejmują prawie 4800 obiektów.
Kolekcje indyjska i nepalska budowane były niemal od początku istnienia Muzeum. W 1978 roku ówczesny dyrektor i założyciel Muzeum otrzymał grant Ministerstwa Kultury na powiększenie kolekcji i w tym celu pojechał do Indii. W latach 80. i 90. odbyło się jeszcze więcej
takich wyjazdów, podczas niektórych dyrektorowi towarzyszyli artyści i badacze (np. wyjazd do Nepalu z Andrzejem Strumiłłą). Na zlecenie Muzeum zbiory pozyskiwali również badacze i naukowcy (m.in. dr Elżbieta Walter z Katedry Azji Południowej Uniwersytetu Warszawskiego).
Wyjątkowe w skali światowej są zbiory malarstwa z Indii. Muzeum posiada największą w Europie i jedną z największych na świecie kolekcję malarstwa mithilskiego (Mithila, Bihar), a także z Orisy, Bengalu, Radźasthanu i Gudźaratu.
Również w kolekcji grafiki znajdują się interesujące zespoły. Jeden z nich, pochodzący z Bangladeszu, zawiera prace m.in. Kalidasa Karmakara. Artysta ten studiował w Warszawie grafikę artystyczną, a wracając przywiózł do Bangladeszu pierwszą prasę do grafiki warsztatowej. Drugi zbiór pochodzi z Ćolamandal w indyjskim stanie Tamilnadu, czyli artystycznej wioski założonej przez twórców w latach 50. XX wieku.