Indonezja, szczególnie ważna jako kolekcja założycielska, która dała początek Muzeum. Natomiast różnorodny i rozległy obszar Azji Centralnej podzielono pod względem dominujących religii na część muzułmańską i buddyjską. Do islamskiej części tego regionu trafił też Afganistan, geograficznie zaliczany do Azji Południowej. Jego kultura, sztuka i rzemiosło wykazują jednak duże podobieństwa z krajami muzułmańskiej Azji Centralnej, a obszar zamieszkują te same grupy etniczne – co znajduje też wyraźne odbicie w zbiorach. Osobny dział tworzą prace artystów polskich inspirowane sztuką azjatycką i stanowiące jedyną w Polsce muzealną kolekcję o takim profilu. Natomiast archiwum fotograficzne zawiera zdjęcia, w większości pochodzące z lat 60. i 70. XX w., wykonane w różnych regionach Azji przez polskich badaczy, dziennikarzy, reporterów i podróżników. Odrębnym działem są też rękopisy i księgi drukowane. Poddano już digitalizacji wszystkie tego rodzaju eksponaty znajdujące się w Muzeum Azji i Pacyfiku i wkrótce będzie można obejrzeć każdą kartę z ksiąg i rękopisów w dużej rozdzielczości. Da to możliwość wykorzystania zasobu przez studentów i badaczy z całego świata.